凈化空調的設計者不僅要了解建筑布局以考慮系統的布置，而且要給建筑布局提出要求，使其符合潔凈室原理。所以通常潔凈室設計空調機房，是靠近要求送風量大的潔凈室，力求風管的線路zui短。但從防止噪聲和振動來說又要求把潔凈室與機房隔開。
從兩方面都予以考慮，潔凈室凈化空調機房設計隔開方式有：
1、構造分離方式
（1）沉降縫隔開式：使沉降縫在潔凈室與機房之間通過，起分割作用。
（2）夾壁墻隔開式：如果機房緊靠潔凈室，不是公用一面墻隔墻，而是各自有各自的隔墻，而兩面隔墻之間留有一定寬度的夾縫。
（3）輔助室隔開式：在潔凈室與機房之間設輔助室，起緩沖作用。
2、分散方式
（1）屋面上或吊頂上分散方式：現在常把機房設在zui上層屋面上的做法，使之遠離下面的潔凈室，但屋面下一層設為輔助或管理室層，或者作為技術夾層。
（2）地下分散式：把機房設于地下室。
3、獨立建筑方式
在潔凈室建筑之外單獨建立機房，但其離潔凈室很近。機房要注意隔振、隔音問題，地面應全部做防水處理，并有排水措施。
隔振：應在振源的風機、電機、水泵等的支架、底座作防振處理，甚至有必要的話將設備安在混凝土板塊上，再用防振材料支撐該板塊，該板塊的重量應為設備總重量的2～3倍。
隔聲：除去系統上安裝消聲器外，大型機房可考慮在墻壁上貼附有一定吸聲性能的材料，要裝隔聲門，切忌在與潔凈區的隔墻上開門。