潔凈車間動線規劃要注意以下幾點：
（一）要檢討分析人車路徑、配管系統、排氣管道、原料搬運和作業的流程等，盡量縮短動線，并避免交叉，以防止交叉污染；
（二）作業者、化學藥品、材料等動線勿集中；
（三）潔凈車間四周，宜設緩沖區；
（四）潔凈車間內生產制造裝置的出入，不要對作業產生大影響。
另外，固體物料的粉碎、稱重、配料、混合、制料、壓片、包衣、灌裝等工序；用有機溶媒精制的原料藥精制、干燥工序；放射性藥品生產區；病原體操作區；工藝過程中產生大量有害物質、揮發性氣體的生產工序；固體口服制劑的顆料、成品、干燥設備所使用的凈化空氣如經處理仍不能避免交叉污染時，則不能循環使用。
潔凈車間不同級別空氣潔凈度的空氣過濾器的選用、布置要點：
（一）對于300000級空氣凈化處理，可采用亞空氣過濾器代替空氣過濾器；
（二）空氣潔凈度100級、10000級及100000級的空氣凈化處理，應采用初、中、空氣過濾器三級空氣過濾器；
（三）中效或空氣過濾器宜按小于或等于額定風量選用；
（四）中效空氣過濾器宜集中設置在凈化空氣調節的正壓段；
（五）亞或空氣過濾器宜設置在凈化空氣調節系統的末端。