設備、管道的設計與安裝醫藥工業潔凈廠房中工藝設備及管道繁多，為了防止在生產設備和工藝管道中產生、積聚微粒及微生物，同時確保設備、管道系統能安全可靠地投入生產，在設計、安裝等方面應采取相應的措施。
1、材質要求設備、管道所選材料應根據裝載、貯存或輸送物料的理化性質和使用工況等因素來確定，使之滿足工藝要求，不吸附、不污染介質，且施工、維修方便。對于直接接觸藥物的設備、管道要求較高。規范規定：凡與藥物直接接觸的設備內表面應采用不與藥物反應、不釋放出微粒及不吸附藥物的材料；凡與藥物直接接觸的容器、工器具不得使用竹、木、藤等材質制造；為了避免純水、注射用水在貯存和輸送中被二次污染，其管材應采用低碳不銹鋼管或其他不污染水質的材料（如硬聚氯乙烯管、聚丙烯管或工程塑料管），閥門與管件應采用相應的材料制作。有資料表明，聚氯乙烯對水的污染是不銹鋼的7.6倍，而常用的18 -8和321不銹鋼由于含碳量高，同樣不適宜用來制作設備和工藝管道。從潔凈和滅菌要求考慮，貯存、輸送純水、注射用水、無菌介質和成品的設備、管道宜采用含碳量分別是0.08%、0.0390的316鋼和316L鋼，以減少材質對藥品和工藝水質的污染。
2、從豎管上引出的支管應盡可能短，一般不宜超過支管直徑的6倍，以防水在橫管上靜止滯留。
3、對不允許斷水的車間，給水引入管應設置兩條，在室內連成環狀或貫通枝狀雙向供水，引入管宜分設于室外環網的不同側。
4、排水系統應根據排出廢水的性質、濃度及水量等進行設計，并應根據不同情況采取廢水處理和綜合利用措施，且排水主管不應穿過潔凈度要求高的房間。
5、100級的潔凈室內不宜設置地漏，10000級和100000級的無塵車間也應少設地漏。其地漏所用材質應不易腐蝕，內表面光潔，不易結垢，在構造上應設密封蓋，且開啟方便，能防止廢水廢氣倒灌，必要時還應能根據產品工藝要求消毒滅菌。
6、潔凈室內與回水管道相連的設備、衛生器具和排水設備的排出口以下部位必須設水封裝置。
7、潔凈廠房內應采用不易積存污物、易于清掃的衛生器具、管材、管架及其附件。同樣，閥門選用也以不積液的為好，不宜使用普通截止閥、閘閥，宜使用清洗、消毒方便的旋塞閥、球閥、隔膜閥、衛生蝶閥、衛生截止閥等。