1、系統的布置
為保證生產水質不被其它給水系統污染,潔凈廠房內的給水系統按照生產、生活、消防等用途不同,應分別設置,其中,生產用水又可按生產線的數量,分別布置,建議每條生產線給水系統的起端均設置檢修閥門及計量水表,以便檢修和成本核算。另外,考慮到潔凈廠房中的生產工藝技術發展迅速,產品升級換代快,生產工藝變化多等特點,在管道設計中應留有充分的余量。
潔凈廠房內的排水應清污分流,凈化區和非凈化區排水應盡量分開,集中到廠區污水處理站的生產污廢水,應經處理后,達標排放。但如果生產車間所排放的生產污水,含有強致敏性物質或腐蝕性物質以及帶危險性菌類物質,則需就近經脫敏,去硫酸銨以及蒸汽滅活處理后,與其它污廢水混合,排放到廠區污水處理站,經集中處理再達標排放。
2、管材的選用
潔凈廠房的生產給水管傳統的管材,一般采用鍍鋅鋼管,考慮到潔凈環境下,所選管材應有較好的化學穩定性,以保證水質在輸送過程中下降小，以及管道的內外壁應盡量光潔,管道及管件的接頭處應有較好的平整度,以保證水流有較好的水力性能,以及降低微粒的沉積和微生物的繁殖。建議潔凈廠房給水管材采用聚丙烯(PP)管或不銹鋼管。排水管材的選擇,應針對排水的水質特點選用,一般原則是：在連續排水溫度低于40℃時,選用聚氯乙烯(UPVC)排水管,該管材具有化學穩定性強,水力性能好的優點，在連續排水溫度介于40～80℃時,建議采用既具有較高耐溫性能,又有較好水力性能及化學穩定性的璃纖增強聚丙烯排水管，連續排水溫度高于80℃時,采用排水鑄鐵管,但應注意防腐處理。
3、管道的敷設
潔凈廠房內管道的敷設方式直接影響潔凈室的空氣潔凈度,因此管道應盡量在潔凈室外敷設,大限度地減少潔凈室內的管道,通常是各種給排水干管布置在技術夾層、技術豎井、地溝管槽內或直接地下埋設,特別是有上下夾層的潔凈廠房,給排水干管大都設在下夾層內。對于穿過潔凈室無法暗裝的給排水立管及消防栓,應盡量在凈化區墻角處敷設,并應采用彩鋼板包嵌,陰陽角均做成圓弧角,以免積灰。為防止潔凈室外未凈化空氣滲入室內,同時也為了防止潔凈室內的潔凈空氣向外滲漏,造成能量的浪費,甚至影響室內的潔凈度，給排水管道穿過潔凈室墻壁、樓板和頂棚時,應設套管,套管內管段不得有接頭,管道和套管之間必須用不起塵的密封材料封閉。在實在無法做套管的部位,必須采取嚴格的密封措施,主要的密封方法有微孔海綿、有機硅橡膠、橡膠圈及環氧樹脂冷膠等。
4、衛生設備的設置
手是交叉污染的媒介,工作人員在接觸工作服之前應洗手,洗手的不應直接用手開啟,可采用感應式或肘式洗手。洗凈的手不可用普通毛巾擦抹,因為普通毛巾易產生纖維塵,好的辦法是熱風吹干,所以洗手室不但要設置洗手盆,而且還需設置烘手器。潔凈區內設置廁所不僅容易使潔凈室受到污染,還會影響潔凈區的壓力控制,所以有空氣潔凈度要求的生產區內不宜設廁所。廁所宜設在盥洗室之前,且廁所應有前室,前室還應設置供人員入廁穿用的套鞋。廁所內衛生潔具為便于沖洗,還應采用白陶瓷制品,不得用水磨石或水泥制作。
5、排水設備附件及小型排水構筑物
對于跨度較大的潔凈廠房,其生產排水橫管往往較長,超過了規范允許的大長度,為了清通方便,往往在排水橫管上,每隔一定距離設一清掃口,清掃口盡量設在非凈化區,如不能避免要在凈化區設置,清掃口要選用易清潔的全銅制品。潔凈室盡量不設地漏,若工藝需要設置,亦盡量少設,且應選用材質不易腐蝕,內表面光潔,不易結垢,有密封蓋,開啟方便,能防止廢水廢氣倒灌的潔凈地漏。另外,為了順利收集排水,保持地面清潔,地漏的頂面標高應低于周圍地面5～10mm。為了防止通風系統正常工作時,室內潔凈空氣通過排水管向外滲漏；而當通風系統停止工作時,室外非潔凈空氣向室內倒灌,影響潔凈室的潔凈度、溫濕度,并消耗潔凈室的能量,與排水管相連的各個排水點均應設水封裝置,水封深度不得小于50mm。這是維持潔凈室內各項技術指標的一個重要措施。為了進一步防止這一現象的發生,同時也為防蟲防鼠,潔凈區排水出戶管末端在接到室外檢查井之前,往往還增設水封井。
6、循環水系統
為了保護水資源以及降低生產成本,用于生產設備的冷卻水,其使用前后,除了出水水溫有了較大的提高,水質變化不大,經冷卻塔降溫處理后,可重復使用。需要指出的是,由于循環冷卻水在循環過程中會產生蒸發、風吹等水量損失,造成了水的濃縮,含鹽量增加,直至沉積;以及水中微生物繁殖和塵埃懸浮物、腐蝕剝落物及其它雜質,形成沉積物,為提高設備熱交換率及延長設備壽命,循環冷卻水需進行水質處理，較好的處理方法可采用旁濾裝置。
7、消防系統
潔凈廠房是相對密閉的建筑，潔凈室內通道窄而曲折,致使人員疏散和救火都較困難,且由于廠房內有大量的化學物質(包括建筑材料),失火后產生大量有害氣體,甚至有毒氣體,因此,配備必要的消防設施尤為必要。潔凈廠房的生產層和技術夾層均應設置室內消火栓系統,消火栓的布置應使潔凈廠房不出現消防死角,且應保證室內任何一點同時使用的水槍數不少于2支,水槍充實水柱不小于10m,每只水槍的出水量不小于5L.s-1。潔凈廠房各場所還須配置建筑滅火器系統,這是撲救初期火災為有效的手段。建筑滅火器配置按國標《建筑滅火器配置設計規范》相關條文執行,一般按中危險級考慮其設置位置及數量。