車站及隧道通風空調系統的控制由中央控制、車站控制以及就地控制三級組成。
1)中央控制
（1）對全線隧道通風系統的隧道風機（包括區間隧道風機和車站隧道排風機以及中間風機房的隧道風機）、射流風機、電動風閥進行監控。
（2）對各站通風空調大系統的空調器、空調新風機、回/排風機、排煙風機、電動風閥進行監視。
2)車站控制
（1）對本站所管轄范圍內的隧道通風系統的隧道風機（包括區間隧道風機和車站隧道排風機）、推力風機、射流風機、長區間隧道中間風機房的隧道風機、電動風閥。
（2）對設置在車站內的溫、濕度監測點進行監視。
（3）對本站通風空調大系統的空調器、空調新風機、回/排風機、排煙風機、電動風閥、水管上電動二通閥等進行監控。對本站冷水機組、冷凍水泵、冷卻水泵、冷卻塔、水管上電動碟閥、水處理設備等進行監視。
（4）對本車站通風空調大系統上的防火閥進行監視（由FAS實現）；對本站通風空調大、小系統上的防火閥、防煙防火閥進行監控（監視由FAS實現）
（5）對本站通風空調小系統的空調器、空調新風機、回/排風機、排煙風機、電動風閥、電動二通閥等進行監控。
（6）對本站通風空調大系統空調器過濾器前后的壓差傳感器進行監視。
（7）對小系統水系統的壓差傳感器、流量開關等進行監視。
3)就地控制
（1）對設置在車站內的溫、濕度監測點進行監視。
（2）對本站通風空調大、小系統的空調器、空調新風機、回/排風機、排煙風機、電動風閥、水管上電動二通閥等進行監控。對本站冷水機組、冷凍水泵、冷卻水泵、冷卻塔、水管上電動碟閥、水處理設備等進行監視。
（3）冷水機組、冷凍水泵、冷卻水泵、冷卻塔、水管上電動碟閥、壓差旁通裝置由冷水機組群控系統控制。