潔凈室的污染源有：
a、人是潔凈室大的污染源
規范進入潔凈室內人員的著裝和潔凈室內人員的行為動作以控制人員的產塵。
b、周圍環境的污染空氣的滲入
加強維護結構的密封、堵漏，維持潔凈室的正壓。
c、未經HEPA過濾的空氣的送入
對送入潔凈室的空氣要全部經過三級過濾，終端是HEPA過濾，安裝過濾器要密封、檢漏、堵漏。維持潔凈室內的正壓。
d、圍護結構的產塵和其他表面的產塵
對圍護的表面、頂、墻、地以及其他表面要定期擦拭、消毒和清掃。
e、工藝設備和工藝過程的產塵
對工藝的產塵要進行局部處理，避免污染擴散到全室。加強局部圍擋和局部排風等。
f、原材料、容器、水、氣、溶劑以及外包裝的產塵
外包裝不應在潔凈室內拆除。容器要進行消毒清洗處理，原材料要溯源到原材料的生產、供應、包裝等情況。控制原材料、水、氣和溶劑的凈化來控制其帶來的污染。
g、在自然界和人們生活環境中存在有大量的微生物。例如；每克土壤中存在有104~1010個微生物，每克水中存在有101~104個微生物，每克空氣中存在有104~106個微生物，每平方厘米人的皮膚中存在有101~104個微生物，每平方厘米的地板中存在有104~107個微生物，而且微生物又是一種耐寒，耐熱，抗輻射，抗紫外線照射，抗藥能力很強的污染物。熱原是微生物的代謝物，是一種難以去除的污染。熱原的穿透力很強，能穿透過濾器的濾料；熱原又能耐150度的高溫，滅菌難以殺滅熱原。