潔凈空調系統應按其所生產產品的工藝要求確定，一般不應按區域或簡單的按空氣潔凈度等級劃分。
1、空調系統劃分的原則如下：
（1）一般空調系統、兩級過濾的送風系統與潔凈空調系統要分開設置。
（2）運行班次、運行規律或使用時間不同的潔凈空調系統要分開設置。
（3）產品生產工藝中某一工序或某一房間散發的有毒、有害或易燃易爆物質可能會對其他工序或房間產生有害影響，或危害人員健康或產生交叉污染時，應分別設置潔凈空調系統。
（4）溫度、濕度的控制要求或精度要求差別較大的系統宜分開設置。
（5）潔凈空調系統的劃分宜照顧送、回風和排風管道的布置，盡量做到布置合理、使用方便，力求減少各種風管管道交叉重疊，必要時，對系統中個別房間可按要求配置溫度、濕度調節裝置。
2、潔凈空調設計計算的一般步驟
（1）根據工藝要求確定潔凈室的潔凈度等級，選擇氣流流型，并決定采用全室空氣凈化還是局部空氣凈化。相對來說，非單向流和局部空氣凈化投資較小，應盡量避免采用全室空氣凈化。設置空氣凈化范圍的原則：
a.全室空氣凈化是采用集中凈化空調系統在整個房間內造成具有相同潔凈度環境的凈化處理方式，這種方式適用于工藝設備高大，數量多，且室內要求相同潔凈度的場所。全室空氣凈化投資大、運行管理復雜、建設周期長，因此采用時必須謹慎，應盡量避免采用。
b.局部空氣凈化是采用凈化空調器或局部凈化設備(如潔凈工作臺、棚式垂直層流單元、層流罩等)，在一般空調環境中造成局部區域具有一定潔凈度環境的凈化處理方式。這種方式適用于生產批量較小或利用原有廠房進行技術改造的場合。
c.采用全室凈化與局部凈化相結合的凈化處理方式，既能保證室內具有一定潔凈度，又能在局部區域實現高潔凈度環境，從而達到滿足生產對高潔凈度環境的要求和節約能源的雙重目的。
（2）計算新風量，取下列兩項中的大者：
a.補償室內排風量和保持室內正壓值所需新鮮空氣量之和。
b.保證供給潔凈室內的新鮮空氣量不小于40M3/(h.人)。
（3）計算潔凈室的冷、熱和濕負荷。
（4）計算送風量，取下列三項中的大值：
a.為保證空氣潔凈度等級的送風量。
b.根據冷熱和濕負荷計算確定的送風量。
c.向潔凈室內供給的新風量。
（5）根據送風量、冷熱負荷和選擇的氣流組織形式，計算氣流組織和各參數。
（6）確定空氣加熱、冷卻、加濕、減濕等處理方案及回風方式（一次或二次回風）
（7）根據工藝要求或氣流組織計算時確定的送風溫差及室內外計算參數，確定各狀態點，計算空調器處理風量及潔凈室循環風量。
（8）計算總的冷、熱負荷，選擇空氣處理設備。
（9）校核潔凈室內的微粒濃度和細菌濃度。
3、室內的溫度和濕度
潔凈室內的溫濕度應滿足以下要求：
（1）舒適性要求。室內的溫濕度要滿足工作人員的舒適性要求。
（2）工藝要求。我國GMP規定：潔凈室（區）的溫度和相對濕度應與藥品生產工藝要求相適應。無特殊要求時，溫度控制在18～26℃為宜。不同的產品、物品以及生產工藝、工序，對生產環境溫度，濕度的要求各不相同。有的需要恒溫恒濕環境。