潔凈室空調負荷包括夏季的空調冷負荷和冬季的空調熱負荷。潔凈空調的空調負荷的計算可采用冷負荷系數法。空調冷負荷包括圍護結構傳熱形式的冷負荷(含日射得熱)和室內工藝設備(含循環風機、凈化設備內的風機等)、人員、照明等形成的負荷。對潔凈空調系統而言，還包括新風負荷和二次加熱負荷。
潔凈室的冷負荷與一般建筑物不同，有其特殊性。一般情況下，潔凈室處于內區，圍護結構引起的冷負荷可按穩定傳熱計算。對于正壓潔凈室，不考慮冷風滲透引起的熱負荷，但應考慮局部排風引起的補風負荷(包含在新風負荷中)。
一般來說，對一些別的潔凈室，室內工藝設備的散熱負荷和設備排風所引起的新風負荷占主要部分，其次是空調系統中循環風機的動力負荷，圍護結構傳熱、照明、人體散熱等傳統的空調負荷只占總負荷的10%左右。根據業主或工藝設計方提出的設備清單，并考慮一定的負荷系數和設備運行系數以及設備的冷卻水和排風所帶走的熱量，就可以計算出工藝設備的空調負荷。
由于別沽凈室的潔凈區一般布置在建筑物的中央部位，因此區內只存在冷負荷，在正常運行狀態下，潔凈區長期供冷。由于室內負荷的主要部分是工藝設備負荷，因此當工藝設備剛起動時，室內沒有設備負荷，和正常運行時有很大的不同，不但供冷量差別很大，而且在特定的氣候條件下，有可能剛起動時出現供熱狀態，然后再逐步切換到正常運行的供冷狀態。在這種情況下，對潔凈廠房的空調系統設置兩套可以方便轉換的工作模式是必需的，即“起動狀態”和“運行狀態”，并考慮起動狀態的熱負荷。
有些情況下，需要首先知道設備容量的大小，并對造價進行估算，若是不具備冷負荷計算條件，就要對冷負荷進行估算。潔凈室的負荷估算指標見表：