1、運行班次不同或使用時間不同的工藝房間不宜設為一個潔凈空調系統，否則不工作的潔凈室因和在工作的潔凈室是同一個潔凈空調系統而不能關閉，造成浪費，提高運行成本。若空調系統分開設置，可將不工作的潔凈室只運行值班風機，這樣可降低運行成本。
2、生產過程中散發的物質對其他工序、設備會產生交叉污染，對產品質量或操作人員的健康、安全有影響的潔凈室空調系統應分開設置，這種會造成交叉污染的潔凈室在電子工廠、制藥廠和各種實驗室都有。
3、溫濕度基數和精度要求差別大的潔凈室空調系統應分開設置。若不分開設置一般情況下都是按基數要求高的、精度要求嚴格的工藝來確定，會造成工藝對溫濕度要求不高的也跟著高了，抬高了初投資和運行費用。
4、潔凈室內工藝發熱量相差懸殊的系統應分開設置，因潔凈空調系統的送風量是根據潔凈度的級別或冷熱負荷來確定的，若發熱量差異大，那么發熱量小的潔凈室需要二次加熱才能滿足室內的溫度要求，造成浪費，提高了運行成本。
5、潔凈空調系統與一般空調系統應分開設置，因一般空調系統無潔凈度要求，空氣不需要經過三級（初、中、高）過濾，若合為一個系統，初投資和運行成本都會提高。
6、系統風量過大的潔凈空調系統應分開設置。
7、新風量特別大，室內濕度要求高時，應獨立設置新風系統，如潔凈室濕度要求高而室內發濕量不大，應在新風處理時就采取除濕措施。