1、空調凈化系統的劃分
系統劃分的原則和方法如下：
（1）按不同的藥品劑型劃分，因各劑型對凈化空調的要求不同；
（2）按不同的空氣潔凈度等級劃分，不同潔凈度級別的潔凈室對空調參數均有不同的要求；
（3）高效凈化系統與中效凈化系統要分開設置，因系統中高效過濾器與中效過濾器在運行時阻力變化不同；
（4）按樓層或平面分區劃分；
（5）按運行班次不同劃分；
（6）對青霉素類、頭孢菌素類、激素類和抗腫瘤類藥物應防止交叉污染，要設獨立的空調系統；
（7）為便于對各生產區風量和溫度、濕度的調整、控制，空調系統不宜過大，一般風量不宜超過40000m3/h。
上述空調凈化系統的劃分只是一般原則，在工程實踐中往往需根據具體情況決定。如不同潔凈度級別的系統也可劃在一起，按潔凈度級別高的要求設計，級別低的房間可采用較小的換氣次數；不同藥品劑型的系統也可劃在一起，按空調參數要求嚴格設計；高效凈化系統或中效凈化系統也可劃在一起，采用不同壓頭的風機等。
2、固體制劑（以片劑生產為例）
片劑生產的空調系統除要滿足廠房的凈化要求和溫度、濕度的要求外，重要的一條就是要對生產區的粉塵進行有效控制，防止粉塵通過空氣系統發生混藥或交叉污染。交叉污染發生的大原因在于稱量、混合、整粒、壓片、包衣等工序。對于有刺激性、過敏性的粉塵，粉塵擴散更是嚴重的問題。
粉塵控制的目的在于：
防止原輔料、中間體和成品的交叉污染；對生產人員的防護；防止粉塵從生產區逸出并污染環境。
為了減少粉塵擴散，除了在工藝上要減少手工操作和暴露操作，盡量使用真空輸送物料和就地清洗以外，對空氣凈化系統要求做到：
（1）在產塵點和產塵區設置隔離罩和除塵設備，在發塵源附近就地排除粉塵；
（2）控制室內壓力，產生粉塵的房間應保持相對負壓；
（3）合理的氣流組織；
（4）對多品種換批生產的片劑車間，產塵量大的房間若沒有凈化措施則不宜采用循環風。
3、終不可滅菌的無菌產品（以粉針劑生產為例）
由于粉針劑生產的終成品不作滅菌處理，主要工序需處于高級別潔凈室中，如瓶子滅菌、冷卻、分裝、加蓋等產品暴露于空間的工序均需處于100級層流保護下。
粉針劑的主要生產工序溫度為20～22℃，相對濕度﹤40%。粉針劑生產的工藝凈化設備主要為：粉針劑生產流水線，有滅菌隧道、分裝機、軋蓋機的空氣凈化裝置；粉針生產層流帶。
對此類產品的生產環境各國的要求不盡相同，如歐洲（EU）將環境分為以下四個等級：
*（相當于100級）：通常用于藥品分裝、洗橡塞或西林瓶暴露的環境。通常裝有層流罩，在工作面的層流風速達到均勻的0.45m/s±20%。
B級（相當于100級）：用于無菌操作的準備及*層流罩的環境背景。
C級（相當于10000級）：無菌生產的清潔區域，如走廊、溶液的過濾等。
D級（相當于100000級）：用于洗瓶、隧道烘箱的環境等。
在應用空調凈化系統時，必須分清相同空氣潔凈度級別下的無菌室和非無菌室，它們的功能是不同的。必須考慮工藝排風與空調凈化系統的風量平衡，特別是當工藝排風停止運行時引起的無菌室風量失調或空氣倒灌。
4、終滅菌藥品（以大容量注射劑生產為例）
大容量注射劑的生產主要包括送瓶、洗瓶、灌裝、配液、薄膜、膠塞、鋁蓋處理、軋蓋、滅菌、燈檢、包裝等工序。對空氣潔凈度其灌裝工序要求100級，稀配、濾過工序為10000級，濃配工序為100000級。研究調查中提出如下觀點：環境空氣中微粒對瓶裝大輸液污染影響極小，不是影響其澄明度的主要因素；瓶裝大輸液中所存在的顆粒物，是在產品滅菌后由膠塞和瓶子上剝落下來的；對終要滅菌的大輸液其關鍵在于產品要滅菌。
所以輸液劑生產車間的潔凈重點應放在直接與藥物接觸的開口部位，放在產品暴露于室內空氣的生產線，而不要追求整個車間的高標準。
輸液劑生產車間的潮濕問題主要是配藥工序和消毒工序的蒸汽外溢和地面積水造成的。各工序溫度和濕度要求如下：
100級、1000級區：溫度20～23℃，相對濕度55%～60%。
100000級輔助生產：溫度23～26℃，相對濕度55%～65%。
工藝凈化設備主要有：洗瓶、烘瓶聯動機上的空氣凈化裝置；灌裝機上的空氣凈化裝置。
同時還需注意100級潔凈室內不得設置地漏。在灌裝機的層流罩下同樣不得設置地漏，但可以在層流罩外的10000級區域內設置可消毒帶水封的有蓋不銹鋼地漏，或在100級層流罩下設置帶水封的下水口，直接與設備相連。