為防止污染物透過圍護結構縫隙侵入潔凈室，潔凈室及潔凈設施的圍護結構應有良好的氣密性，同時和不清潔的周邊環境要維持一定的正壓差。潔凈室的正壓是靠送風_{與回風和排風的差值實現的。
當潔凈室相對于周邊環境具有的正壓差，則通過潔凈室的縫隙、開孔外溢的氣流量為：}                    （式一）
此時，潔凈室相對周圍的正壓為：
（式二）
式中，為空氣流過縫隙或孔口的局部阻力系統；
          為空氣流過縫隙或孔口的流速，m/s；
         為空氣密度，kg/m³。
由式二可得：

則維持正壓時的泄漏風量為：

（式三）
式中，為縫隙或孔口的過流面積，m²。
由式三可知維持的正壓值越高，縫隙或孔口的合計面積越大，則泄漏風量也越多。過多的無效泄漏風量將增大受控環境的能耗，因此應關注其氣密性，在維持必要壓差條件下減低其泄漏風量。值得注意的是，根據上述分析，在進行潔凈室壓差檢測之前，必須先驗證在潔凈室或潔凈設施正常工作時，應該關閉的門全部關閉條件下的送風量與回風量、排風量是否與規定風量相符。在此前提下，再逐一測定封閉的潔凈室和周圍附屬環境之間、周圍附屬環境與外部環境間的壓差。如無周圍的附屬環境，則測定與記錄下封閉的潔凈室與外部環境之間的壓差。
通常使用電子微壓計、傾斜式微壓計或機械式壓差計來測定區間的壓差。
按照 GB50073-2001《潔凈廠房驗收規范》的規定：不同等級潔凈室及潔凈區與非潔凈區之間的壓差應不小于5Pa，潔凈區與室外的壓差應不小于10Pa。
國內行業標準 JGJ71-90《潔凈室施工及驗收規范》除與GB 50073-2001的規定相同外，并對ISO 5級以上的單向流潔凈室有如下規定：潔凈度高于5級的單向流潔凈室在開門狀態下，在出入口的室內側0.6m處不應測出超過室內級別上限的濃度。