由于潔凈空調系統的特點和普通空調系統不同，因此空氣處理過程和空氣處理的參數也不同，在選擇空調箱時，必須滿足潔凈空調系統的要求。
空調箱必須具備初、中效二級過濾的功能。初、中效過濾器要根據潔凈空調系統對潔凈度的要求和工程所在地室外環境的大氣含塵濃度來選擇過濾效率（過濾級別）。還要考慮初、中效過濾器的阻力和容塵量。初、中效過濾器的阻力分初阻力和終阻力，選擇空調箱的風機時應按它的終阻力來計算容塵量，也就是初、中效過濾器的使用壽命。初、中效過濾器還分可清洗和不可清洗兩種，選擇時應根據工程的具體情況和業主的要求來選擇。
因為多級過濾器的阻力很大，表冷器的排數多，阻力也增大，所以潔凈空調系統的空調箱所選用的風機風壓要比普通空調系統高許多，空調箱的壁板承受的壓力也就大多了。潔凈空調系統對漏風量的控制也應比普通空調系統更嚴格，因為系統的漏風不僅影響室內的溫濕度或造成能源浪費，還會影響潔凈室的潔凈度、因此對潔凈空調系統的空調箱結構要求更高，無論是板式還是框架式結構都要求變形量小。
由于工藝需要，潔凈空調系統往往是室內的溫、濕度基數比普通空調要低，因此送風狀態點的溫度也相應比較低。為了讓空調箱箱壁不結露，對空調箱箱壁保溫材料的厚度和傳熱系數的要求更高，空調箱連接點的冷橋處理要求更高，必要時要做結露校核計算。
潔凈空調設計規范規定潔凈室內的噪聲不高于60dB。潔凈空調系統的風量比普通空調系統的風量要大，風系統的阻力也大，選用的送風機風量大，風壓也大，風機轉速也要高，所以產生的噪聲也就大。為了滿足規范的要求，往往還要在空調箱內設置消聲器。為了避免消聲器的消聲材料成為發塵源，一般在潔凈空調系統的空調箱內都選用微穿孔板消聲器。微穿孔板消聲器的消聲量要根據消聲器的長度計算。
潔凈空調系統的空調箱內壁材料應不易產生灰塵并耐腐蝕，生物潔凈空調系統所用的空調箱內壁要可以消毒。
潔凈空調系統空調箱功能段數要多于普通空調系統，而且維護保養的要求也比較高，例如初、中效過濾器要經常更換，空調箱內壁要清潔、消毒，所以空調箱的長度也比普通空調系統的空調箱長。為了節省空調機房的面積，在滿足使用功能的前提下，應盡可能使結構緊湊。
潔凈空調系統中化學過濾器應根據生產過程中所產生廢氣的性質和廢氣的量來確定化學過濾的種類，防止潔凈空氣循環次數多而使廢氣的濃度越來越高。潔凈空調箱在新風入口段是否要設置化學過濾器，要根據工程所在地的大氣環境決定。
潔凈空調系統選用空調箱風機時要考慮到潔凈空調系統的風阻力比一般空調系統要大，因為有初、中、高效三級過濾而且阻力變化也很大。初、中、高效三級過濾器從初阻力一直到終阻力的阻力疊加數值占整個潔凈空調系統總阻力的比例很大，因此空調箱應該選用變頻風機，選用變頻風機不是為了改變潔凈系統的送風量，而是為了適應初、中、高效的阻力變化。全新風潔凈空調系統中，若因工藝發生變化造成排風量的變化，為了保持室內的正壓值不變，可以通過送風機的變頻來相應改變送風量。
空調箱表冷器進出水水溫的確定取決于潔凈空調系統的送風狀態的溫濕度參數。由于工藝對室內溫濕度的要求不同，再加上潔凈空調系統的送風量往往不是由負荷大小來決定而是根據潔凈度級別來決定的，送風量大送風溫差就小，潔凈室內的溫度基數低送風溫度就低。根據一般經驗，表冷器的進水溫度要比送風狀態溫度低3～6℃，表冷器的出水溫度要比送風狀態溫度低0.5～1℃，這*取決于潔凈室內的設計溫度基數和冷媒水進表冷器的溫度（一般就是6～7℃）以及表冷器性能的各個參數，如接觸系數、表冷器的排數、析濕系數、傳熱系數、水流速、換熱效率系數等。