實驗室通風控制系統可根據不同的情況采用不同的控制方式，如單臺通風柜定風量通風控制系統、多臺通風柜定風量通風控制系統、多臺通風柜變頻通風控制系統、多臺通風柜變頻+變風量通風控制系統。
一、單臺通風柜定風量通風控制系統。
1、原理：
單臺通風設備定風量通風控制系統是指每一臺排毒柜的排風由獨立的一組通風管和一臺風機，有效的排放于大氣層。風機的開關、排風系統的啟動安裝于排毒柜或通風設備上，排毒柜上方的控制閥為電動閥或手動閥。
2、優點：
1）操作簡捷，系統的開關不影響其他同房的設備，只引用需要的通風設備。
2）防止通風系統的串聯及廢氣的回流。
3）便于氣流的控制。
4）系統運作費用低廉。
3、缺點：
1）系統前期投入費用高。
2）安裝復雜，安裝空間需求大。
3）長期維修費用昂貴。
4、適用條件：特別功能實驗室如P2實驗室、P3實驗室、無菌間、放射性實驗室、PCR實驗室、動物實驗室、DNA實驗室等。
二、多臺通風柜定風量通風控制系統。
1、原理：多臺通風設備定風量通風控制系統是指多臺的通風柜或通風設備經由一組管道的串聯由一臺風機進行排放，排毒柜上方的控制閥為電動閥。本方式有兩種控制方式：
1）定點控制。所有的通風設備僅用一個開關同時啟動或關閉。
2）多點控制。在多臺通風設備上或實驗室里安裝開關，只要有其中一臺的開關還處于啟動階段，風機還是會處于運行狀態。只有所有的開關斷開，風機才會停頓。整個通風系統才會停止關閉狀態。
2、優點：
1）降低材料的運用、減少前期的投資。
2）簡化通風系統的安裝、減少安裝空間的需求。
3）維護費用相對減低。
4）多點控制可達到“以人為本” 的實驗室的理念，便于操作人員根據情況開關所需的設備。
3、缺點：
1）屬于定風量排風，需100%的排風，系統越大，越會浪費大量的能源。
2）管道運作量大，易有噪聲大，風量不易于平衡，引出排風量不足的問題。
3）排風量無法控制自如并根據實際所需量而排放。
4、適用條件：要求不高的理化實驗室、準備間、調配室等，性能不是很好，不推薦使用。
三、多臺通風柜變頻通風控制系統
在大型通風系統中，如果采用單臺排毒柜獨立的定風量排風方式，會導致排風管道太多，管井尺寸不夠用或外墻全是管道不美觀，一次性投資大。如果采用多臺通風設備運用一個定風量通風系統，雖然一次性投資減少了，但是運行不節能，在其中一些通風設備不使用時，其他通風設備的排風量將加大甚至超出正常排風量，影響實驗操作，而且風機運行費用也很高，存在一定的弊病。為了實現降低一次性投資且節省運行費用的目的，變頻通風系統應運而生。變頻通風系統是指多臺通風設備共用一臺風機，采用變頻控制技術，根據通風設備的使用量自動調節風機的運轉，從而達到節能的目的。
1、原理：
其原理是：在通風管路的主管上加風管壓力傳感器，另設變頻柜，變頻柜里安裝變頻控制器，通過初設一個風管壓力值，由變頻控制柜對系統風量進行控制。當有一部分通風設備不使用時，通風主管的壓力產生變化，這時壓力傳感器檢測到壓力變化后，它將這種壓力變化轉換為0～10V的電壓信號，傳遞到變頻控制柜，變頻控制柜將這種信號轉換為一種電流值來控制變頻器，降低變頻器的工作頻率，由于變頻器的頻率變化，產生的電流變化控制風機的轉速，以達到降低風機的排風的目的。
變頻調速是一種先進且較成熟的技術，它是通過整流器、逆變器和控制電路將頻率-定的交流電變成直流，再將直流逆變為不同頻率的交流，以達到對交流異步電機進行調速控制。排毒柜上方的控制閥為電子調風閥，它是一種新型的微電腦式風閥。
2、變頻調速優點：
1）電子調風慣的控制面板可以直接安裝在排毒柜的上立柱或下座，操作方便、直觀。
2）風閥的角度可以0～9做任意調整，操作人員可以通過風閥的控制面板的觸摸按鈕任意設置風閥的角度，風閥會自動保存設定值。
3）電子調風閥可以開關風閥和風機，可以多個風閥聯機開關風機，也可以作為變頻控制系統中的控制器，向PLC、變頻器輸出信號來控制變頻器的輸出，從而控制系統風量，保持排毒柜的風量恒定。
4）電子調風閥同時可以代替照明開美和系統開關等，減少排毒柜上的各種電器設備，提高了操作人員的安全保護。
5）電子調風閥在關機狀態時能自動復位為0，因此同時具備了止回閥的功能，其他正在工作的排毒柜產生的廢氣不會倒流到此排毒柜中。
3、PLC變頻控制的優點：
1）高效：采用變頻調速，直接調節風量，使無用功減少，提高系統工作效率。
2）節能：變頻調速后風機一般以30～45Hz運行，節能達25%～70%以上，頻率越低，節電率越高。
3）延長風機系統壽命：實現真正變頻軟啟動，減少電機啟動對電網的沖擊和對電機本身的危害，提高電機的壽命和系統的壽命。
4）提高風機運行質量：以往，風機總是處于工頻50Hz滿速運行，風機的運行質量很低；而采用變頻調速后，隨風量適時調節頻率以調節轉速，風機的運行質量大大提高。
4、缺點：
變頻系統由于是很多臺通風設備連接在一起，通風系統對房間的高度和管井的大小都有要求，只有高度足高的房間才適用做變頻系統。因為變頻系統的風管尺寸較大。
5、適用條件：同一個房間或同時使用的多個房間有很多通風設備，宜采用變頻系統。能有效地節約能源。
四、變頻+變風量通風控制系統
在大型通風系統中，多臺通風柜連在一起，采用變頻系統控制時，只能是對主風管的風量進行控制，只有感受到主風管的風壓產生變化，才對風機作出相應調整，而對通風設備不端的面風速不能作任何調整。在通風設備要求變風量控制或面風速事求恒定的情況下，采用變頻系統就不能對通風設備來端進行有效控制。
為了解決通風設備未端的變風量要求和面風速恒定的要求，實現進一步節能，出現了變頻+變風量通風控制系統。變頻+安風量通風控制系統包括；一個風速傳感器、紅外線探測器、一個變風量控制衡、一個自動控制器面板和操作終端。
1、原理：
通風柜側如排毒柜，增加末端控制系統后，排毒柜上方布置一個風速傳感器及紅外線探測器，測得的排毒柜面風速通過傳感器與事先設定好的合理入口風速值在自動控制器中相比較，控制排毒柜風管上的變風量控制閥，調整排毒柜的排風量，保證拉門處的入口面風速恒定，確保柜內污染物被混合均勻，能*排除。紅外線探測器的目的是感應排毒柜前面是否有人存在，當有人操作時，排風自動加大，當人離開時，排風自動減小。有人在時，排毒柜的面風速設定在0.5m/s，無人操作時排毒柜的面風速設定在0.3m/s。主風管也附有一套變頻控制系統。主風管終端置有風壓傳感器，將測到變風量和設定好的風速值在自動控制器中相比較，通過控制箱的計算與調配來控制變頻器的輸出，以調整風機上電機的轉速，從而達到風量調節之目的，排毒柜上方的控制閥為變風量調風閥（VAV閥）。
2、優點：
1）高效：采用變頻調速，直接調節風量，使無用功減少，提高系統工作效率。
2）更節能：變風量末端加傳感器控制變頻器，比單獨采用變頻系統仕主管加壓力傳感器控制變頻器的控制精度要高得多，變頻調速后風機一般以30～45Hz運行，節能達50%～70%以上，頻率越低，越節能，一般采用變風重控制系統，三年左右就可以回收成本，運行10年可節約80%的運行費用。
3）延長風機系統壽命：實現真正變頻軟啟動，減少電機啟動對電網的沖擊和對電機本身的危害，提高電機的壽命和系統的壽命。
4）提高風機運行質量：以往，風機總是處于工頻50Hz滿速運行，風機的運行質量很低；而采用變頻調速后，隨風量適時調節頻率以調節轉速，風機的運行質量大大提高。
3、缺點：
變頻系統由于是很多臺通風設備連接在一起，通風系統對房間的高度和管井的大小都有要求，只有高度足夠的房間才適用做變頻+變風量系統。
4、適用條件：同一個房間或同時使用的多個房間有很多通風設備，宜采用變頻+變風量系統，控制效果較好，節能多。