過濾器因為其構成的復雜性，以及工藝的不同，其潔凈方式也與初效過濾器和中效過濾器有所不同，一般都帶有自潔功能，其三種自潔方式如下： 
*種：手動自潔方式：切換到此種工作方式時，PLC就根據預先設置的定時反吹程序對每組濾芯依次進行反吹，只有將此種模式關閉，反吹才能停止。過濾器使用中與軸流風機配套使用的原過濾器為布袋式過濾器。
第二種：自動自潔方式：當壓力變送器檢測到凈氣腔與吸氣腔的負壓達到設定的反吹負壓時，顯示控制儀*報警點報警并輸出開關量信號給PLC，PLC接收到開關量信號后按照預先設置的程序依次對每組濾芯進行反吹，一組為5個濾芯。正常情況下，過濾器在反吹的作用下，凈氣腔與吸氣腔的負壓下降，當負壓下降到設定的負壓下*，反吹停止。當過濾器在長時間的運行后，反吹對濾芯的壓損下降所起的作用甚微時，凈氣腔與吸氣腔的負壓會繼續升高，當其負壓升高到設定的報警負壓時，顯示控制儀的第二報警點報警并輸出開關量信號給PLC，PLC接收到開關量信號后接通控制柜門板上的超壓報警燈電源，超壓報警燈亮指示設備管理人員應及時更換濾芯。
第三種：定時自潔方式：切換到此種方式時，PLC就根據預先設置的定時反吹程序對每組濾芯依次進行反吹，反吹的間隔時間與反吹遍數可預先設置。