中央空調水系統的水質對系統設備的正常運行非常重要。空調水系統運行后，影響水質的主要因素是水中的溶解固體、溶解氧和微生物。空調水系統的溶解固體，主要是鈣、鎂等鹽類。這些鹽類是產生水垢的主要物質。在開式循環水系統中，其濃度隨著水分蒸發而增大，當達到飽和時，或者循環水經過熱換器表面溫度升高時，就會析出或濃縮沉淀出來，附著在管內壁上形成水垢。水垢導熱性差（比鋼小30-50倍），嚴重影響制冷量。水系統中溶解氧對管壁有一定的腐蝕作用。特別是在開式循環水系統中，水與空氣充分接觸，水中氧氣可達到飽和狀態。由于金屬表面的不均勻性和水的導電性，會發生一些化學反應對金屬表面產生腐蝕，在管內產生大量的腐蝕產物。空調水系統中常見的并能造成危害的微生物有3類：細菌、真菌和藻類。微生物的繁殖會造成特殊的腐蝕環境，其形成污泥覆蓋在金屬表面，故形成貧氧區，從而形成氧濃度差電池，產生局部腐蝕。這些腐蝕產物，連同微生物污泥及水中的油脂形成水垢會嚴重影響蒸發器、冷凝器和表冷器等傳熱管的換熱性能，嚴重影響制冷效果。甚至還會造成傳熱管嚴重腐蝕，機組泄露，以至于無法正常運行，必須大面積更換傳熱器，更換機組溶液等，降低了系統設備的正常使用壽命。可見，空調水系統的水質若管理不善，會在系統設備內形成水垢和腐蝕，所以做好空調系統的水質管理是十分必要的。