細菌（特別是孢子）無處不有、無時不在。細菌的生存條件，主要是營養源（或塵粒）和水分（或高濕度）。在空調范圍內，溫度因素對細菌滋生的影響，沒有前兩者大。
空調系統中有許多場所，為細菌的定植、繁殖和傳播提供了良好的條件，如：空調機組的熱交換盤管（尤其是冷卻去濕工況）；空調機組的凝水盤、水封；空調機組的加濕器；空調機組中長期處于高濕度下的空氣過濾器；系統中各部件的橫向接縫或內表面；系統的消聲器、靜壓箱等。空調系統中，zui大的細菌發生源是空調機組，因此杜絕空調機組的二次污染，是解決問題的重點。要從根本上控制細菌滋生，只要破壞或消除它的生存條件就可以。道理似乎十分簡單，但要真正做到這一點，是十分不易的。因為：
1、凈化空調機組中出現積塵，主要在新風口，但是不能不進新風，只能減少新風口的數量，強化新風過濾，而無法取消新風口；
2、空調機組中產濕的部位，主要是冷卻去濕盤管和加濕器，這是空調機組中調節空氣的關鍵部件，無法取消，只能采取措施來控制細菌滋生；
3、為控制盤管滋生細菌，要盡量減少塵埃進入盤管，這要求率的中效過濾器，設置在盤管前。但是，為了防止經中效過濾器過濾后的空氣，不再受污染，凈化措施要求中效過濾器，設置在系統的正壓段。這是難以解決的矛盾；
4、空調機組出現存水的地方，是凝水盤和水封，由于盤管處于機組的負壓段，無法改變凝水盤、水封的積水、存水問題；
5、空調機組內加濕器有霧化、蒸汽兩種形式。加濕器的存水罐，是一個細菌滋生的場所，霧化又是細菌進入空氣的途徑。蒸汽理應是無菌的，而直接從鍋爐中來的蒸汽，卻含有對人有害的化學物質，不能直接采用；
6、空氣過濾器是除塵的有效手段，但長期受潮。過濾器表面積塵，一般不存在滋菌問題，但是過濾器長期受潮，就有細菌繁殖的可能。要使設置在冷卻去濕盤管和加濕器后面的空氣過濾器，總處于干燥狀態，實在是件難以實現的事情；
7、常規的空調機組結構，難以防止塵粒存積。要防止空調機組內塵粒存積，就要避免內表面凹凸不平或橫向接縫，要求底部與側板交角為圓角等。而常規的空調機組結構，難以做到這點。
可見空調機組的二次污染的控制，相當不易，被認為是對空調設施的一種新的挑戰。