中央空調水管和水系統包括制冷機組、冷卻塔、冷熱水系統、空氣調節系統等部分，清洗主要是對制冷機組內的熱交換設備（冷凝器、蒸發器）和冷卻水系統、冷凍水系統的管道進行物理、化學的全面清洗。
1、物理清洗
物理清洗只能將循環水系統分成如設備、管道等幾個部分清洗。主要清洗方法有用鋼絲刷拉刷、用刮刀滾刮、高壓水射流清洗等。并且這些方法主要適用于水冷式冷凝器和管殼式蒸發器。 
（1）用鋼絲刷拉刷清洗：適用于水冷式冷凝器和管殼式蒸發器的清洗。將水冷式冷凝器或蒸發器的兩個端蓋拆下，用螺旋形鋼絲刷塞入換熱管內反復拉刷，然后再用略小于換熱管內徑的圓棒塞進換熱管內拉捅，邊拉捅邊用自來水沖洗。 
（2）用刮刀滾刮：將刮刀一端接在軟軸上，另一端接在電動機軸上，將水冷式冷凝器或管殼式蒸發器的兩個端蓋拆下，將刮刀插入換熱管內，開動電動機，使刮刀在管內邊滾邊刮，并用自來水沖洗，使刮下的水垢和其他沉積物隨壓力水沖掉。 
（3）高壓水射流清洗：此方法還可用于清洗管道等設備。在清洗換熱器時，須將換熱器兩端封頭拆下，用高壓水槍逐根清洗換熱管。對于管道，則可采用有撓性槍頭的高壓水射流清洗。
對于空冷式冷凝器，可采用刷洗和吹除法進行清洗。
（1） 刷洗法：適用毛刷蘸70攝氏度左右的溫水進行洗刷。當冷凝器外表附著油污時，可在溫水中加適量的堿或洗潔精等。清洗完畢后，用自來水沖淋。
（2）吹除法：是利用空氣壓縮機產生壓縮空氣（0.4～0.6MPa）將冷凝器外表的附著物吹除，同時也可用毛刷等清洗。吹除法清洗時，應注意保護翅片、換熱管等，不可硬物敲擊。
物理清洗有以下優點：可以省去藥劑清洗時的藥劑費用；避免了化學清洗后的清洗廢液、帶來的排放出來的問題；不易引起被清洗設備的腐蝕。  
物理清洗的缺點是：一部分物理清洗方法需要在水系統中斷運行后才能進行；清洗操作比較費工；有些方法容易引起設備表面的損傷。
2、化學清洗 
化學清洗是通過化學藥劑的作用，使被清洗設備中的沉積物溶解、疏松、脫落或剝離的一類方法。化學清洗也常用物理清洗相配合使用。 
化學清洗有循環法和浸泡法兩種：
（1）循環法：是一種使用的方法。利用臨時清洗槽等方法，使清洗設備形成一個閉合回路，清洗液不斷循環，沉積層等不斷受到新鮮清洗液的化學作用和沖刷作用而溶解和脫落。 
（2）浸泡法：適用于一些小型設備和被沉積物堵死、而無法將清洗液進行循環的設備。 
化學清洗所使用的清洗劑的有堿性、酸性、殺菌滅藻等三種。
化學清洗的優點是：沉積物等能夠被*清除，清洗效果好；可以進行不停機清洗，以保證制冷（或供暖）的照常進行；清洗操作比較簡單。  
化學清洗的缺點是： 易對金屬產生腐蝕；產生清洗廢液，易發生二次污染；清洗費用相對較高。
清洗水管和水系統的具體操作步驟為：
（1）水沖洗：用大流量的水盡可能的沖洗掉系統中的灰塵、泥沙、脫落的藻類及 腐蝕產物等一些疏松的污垢，以節約用藥量，降低清洗成本，為下一步的化學清洗做準備。
（2）殺菌滅藻：通過加入殺菌滅藻藥劑，殺死系統中微生物，并使設備內表面附著的生物粘泥剝離脫落。
（3）除垢剝離：加入剝離劑、除垢劑、分散劑對系統內水垢、銹垢剝離解體后排出，還原一個潔凈的金屬表面。
（4）鈍化或預膜：設備管道經過清洗后其金屬表面處于十分活躍的活性狀態，極易二次氧化銹蝕。A：若設備清洗后封存，則對設備進行鈍化處理；B：若設備清洗后投入使用，則進行預膜處理。以更好的保護潔凈的金屬表面防止氧化銹蝕。
（5）日常水維護：通過加入水處理藥劑，抑制水中菌藻生長，防止鈣、鎂離子結晶、沉淀zui大限度的保持金屬表面清潔。