冷凍水系統包括蒸發器、水泵、冷凍水管路、末端設備、補水設備等。
清洗的方法和冷卻水系統的清洗基本相似。首先對污垢取樣，在實驗室試驗確定清洗藥配方和清洗時間。然后確定冷凍水系統的水容量，按300～400PPM的比例向水系統加入粘泥剝離劑，開動冷凍水泵運行24～36小時，將水排放，再將系統充滿水，取下冷卻塔的進風格柵，把清洗劑、緩劑蝕加入膨脹水箱或補水箱，運行6～8小時，再用中和劑將系統內清洗液中和后排出，然后，用清水沖洗冷卻水系統，至PH值為6～9為止。再按比例加入預膜劑，運行24～36小時結束。
清洗劑主要有以下幾種：
（1） 粘泥剝離劑：可采用季胺鹽類殺生劑。
（2）酸洗緩蝕劑：可用Lan-826 、苯井三氮脞、硫脲等。
（3）清洗除垢劑：可用鹽酸、硝酸、胺基磺酸、寧檬酸等。
（4）中和劑：可用NaOH、Na₂CO₃等。
（5）預膜劑：也稱鈍化劑，可用1.5%濃度的Na₂NO₂或1%濃度的Na₃PO₄，運行24～36小時。
（6）風機盤管鋁翅片清洗劑：8%～20%濃度的翅片清洗劑。