壓差控制在凈化空調系統中是一個非常重要的環節。只有通過對凈化區域的壓差進行控制，保證合理的氣流組織，才能達到凈化和工藝的要求。例如潔凈廠房必須保持一定的正壓使外界未經凈化的空氣不會進人凈化區域，保證潔凈級別;并且通過對各凈化區域的不同的壓差控制，達到凈化分區的作用，在GMP中就要求不同凈化級別區域的壓差應得到控制不小于+5Pa。在生物安全潔凈室中，壓差控制更是保證安全防護屏障的關鍵指標，在《生物安全實驗室建筑技術規范》中指出必須使實驗室的負壓梯度得到穩定可靠的控制。因此對于凈化空調系統來說，壓差控制是非常重要的。
壓差控制在實現中是比較困難，特別是在生物安全實驗室中，要得到并保持、穩定的壓差對于控制工程師而言是一件具有挑戰性的任務。因此在設計壓差控制系統時，必須要根據實際情況從以下幾個方面進行分析和確定：
1、風險分析評估；
2、定風量系統和變風量系統選擇；
3、壓差控制和余風量控制方法；
4、控制信號與噪聲的影響；
5、制穩定性及響應速度；
6、建筑結構對壓差控制的影響;風管泄漏對壓力控制的影響。
對壓差控制的風險進行分析，例如對于高等級的生物安全實驗室而言，因為它有生物污染的高風險，各種相關的標準都對其有保持穩定負壓梯度防止污染泄漏的嚴格要求，因此控制系統就必須能夠穩定可靠的實現這樣的控制目標。