1、檢查冷卻水塔各個組件，如發現問題及時通知甲方。
（1）在建筑時，被灰塵或有機物等污染。
（2）曾被停止使用超過一個月（或冷卻水塔停止使用超過五天）。
（3）曾被機械性的改造或分解，而導致污染。
（4）在定期間隔使用時，若周圍環境是多灰塵的或當地水之品質無法被控制。
（5）鄰近的冷卻水塔與“軍團菌-退伍軍人病”之流行曾是有關聯的來源。
2、冷卻水塔清洗和消毒的步驟：
（1）首先對冷卻水塔內的水進行消毒：使用含有5ppm的合格的含氯消毒藥劑及生物分散劑（biodispersant）進行消毒，并讓水循環6-8小時。 
（2）將消毒后的冷卻水塔中的水放光。
（3）清洗冷卻水塔內及水的輸送系統的步驟及注意事項：
a、為避免清洗時避免用會產生太多水泡，用高壓水噴洗水塔周圍和供水附件。
b、確保清洗時間無人使用。如相鄰建筑物仍有人員，其門窗及空氣流通口應閉。
c、確保使用經過專業培訓的清洗人員清洗，工作時要佩戴呼吸保護裝備，例如：正壓呼吸器或整套的頭罩與工作服。
d、重新注入清水并用合格的含氯的消毒劑及生物分散劑的水重新消毒。 
e、在送風關閉的狀況下運轉6-8小時，并保持余氯之濃度在5-15ppm之間。
f、再次放光冷卻水塔中的水，并再次沖洗后，重新注入清水，并添加適當的化學藥品，如消毒殺菌劑。
g、上述步驟完成后，重新運轉冷水塔。