對于空調系統及無塵室，通常認為空調必須連續運行，但以什么形式運行，是否可以有值班模式，周末模式，法規沒有規定。法規規定了在任何時候都必須滿足的運行條件：維持相應的潔凈度級別以及為避免低潔凈度區域污染高潔凈度區域而保持相應的壓差梯度。采用多種空調運行模式/無塵室狀態/壓差控制策略有時是從功能的方面考慮（動態/消毒狀態），有時是從能耗方面考慮（動態/靜態），無論從哪方面考慮，都離不開法規方面的考慮（潔凈度和壓差控制要求）。
對于潔凈度，我們在任何狀態下都應該滿足要求。包括生產過程中，如兩批產品生產之間無塵室潔凈度未破壞的情況下進行消毒和消毒排風時也能滿足潔凈度要求。但如果是無塵室環境破壞后的建立起始階段則是另一種情況，則應在活動結束后操作前進行清潔和環境監測，合格后方可使用。靜態是為動態服務，一切都是為了動態滿足要求。靜態是設計標準，是為了能滿足動態潔凈度標準，雖然動態的標準比靜態標準低，容塵量大，但因為在動態下有產塵操作和人員存在，其所受到的污染程度也相應大很多。所以，靜態下可能僅需要比動態更低的換氣次數或送風量就能保證靜態潔凈度。這就是可以節省的地方，也是非動態下空調模式變化的理由，也是GMP為何規定空調可以在不同模式下運行的原因。這同時也是值班模式可以降低的換氣次數的來源，而不應簡單的采用80%或更低的50%的送風量等的未經過驗證的經驗值。
潔凈度級別的保持理解起來很簡單，是什么級別就應該滿足什么級別的潔凈度（靜態）以及微生物（動態）標準要求即可。那么如何保持壓差梯度呢？是*按照設計要求的壓差梯度，還是只要控制無菌區與非無菌區，不同級別之間的壓差梯度即可？
壓差梯度的保持分為動態壓差梯度和靜態壓差梯度，設計院設計的圖紙通常是未是動態還是靜態壓差標準，但在竣工驗收的靜態調試時通常是按照設計要求的壓差布局調試，并作為動態運行的壓差控制要求。在目前的行業操作方式是動態和靜態條件下空調系統的操作模式相同，區別的只是人和機器工作或不工作。所以在這兩種狀態下，對于空調系統來說都是一個操作模式，即工作模式，但對于無塵室來說是2個狀態，即動態/靜態，但都是按照一個壓差控制要求，即設計要求來控制的。
對于值班模式以及其他模式下的空調系統和不同狀態的無塵室的壓差控制要求就有問題了。為了便于討論，暫且先將空調系統和無塵室分成兩個獨立的系統來分析。只要不關空調，就滿足了GMP要求的連續運行要求。GMP要求連續運行的目的是要求其在這些模式下對對應的無塵室的潔凈度能得到保證，且低級別或高污染區不會污染別或更潔凈區域。動態下因有人員操作、產品操作等其他方面的影響因素，即使是同一級別內部的不同房間之間的潔凈要求也是不一樣的，這也是為何同一級別的產塵、產濕房間會設計成相對鄰近房間負壓的原因。動態下毫無疑問應保持這個負壓。
那么，靜態/值班靜態/潔凈區建立狀態/狀態過渡時呢？
是否仍有必要保持同設計時同樣的壓差梯度要求？要解決的是靜態下的壓差梯度和潔凈度的問題，首先說說壓差梯度，在靜態下，所有房間都沒有操作，沒有產品暴露，不會有產塵、產熱、產濕量大的操作間存在，同樣也不會有人員在里面操作，那么對于同一級別內的所有操作間，作為一個整體來看待，在這個級別內部，壓差梯度只要不出現高或低（影響維護結構和開關門），從走廊流到操作間還是從有產品暴露的地方流到無產品暴露的地方沒有任何區別（因為已經清潔清場了，同一級別都一樣潔凈）。區別只是不同級別之間以及潔凈區對非潔凈區之間，那么對于以上這些狀態下這些無塵室內沒有操作的階段，是沒有必要維持整個潔凈區的壓差梯度同動態一致的，而且也是不切實際的。因為空調運行模式變化時，風在風管內并不是按照同樣的比例分配的，即使是在理想狀態下按照同樣的比例變化，比如從動態到值班靜態模式，所有送風和回風都是減少30%，他們的差值也變化了，壓差來源于二者之間的差，自然就變了。
空調運行模式的改變有時是為了實現無塵室不同功能的需要（動態生產或空間消毒），有時是為了節約能耗（動態/靜態）。無論何種情況，其原則始終是維持相應的潔凈度級別以及為避免低潔凈度區域污染高潔凈度區域而保持相應的壓差梯度。抓住這一條原則即可。