潔凈廠房雖不同于一般工業廠房，但在建筑構造與材料的耐火性能以及火災的火勢形成、發展與擴散等基本特性方面，兩者基本一致。所以《建筑設計防火規范》(GB 50016)（以下簡稱防火規范）中不少條文同樣適用于潔凈廠房。但由于潔凈廠房具有的特點，結合防火疏散的要求，潔凈建筑設計時應十分關注F面各種影響因素。
（1）空間密閉，火災發生后，煙量特大，對于疏散和撲救極為不利。同時由于熱量無處泄漏，火源的熱輻射經四壁反射室內迅速升溫，大大縮短全室各部位材料達到燃點的時間。當廠房外墻無窗時，室內發生的火災往往時不容易被外界發現，發現后也小容易選定撲救突破口。
（2）平面布置曲折，增加了疏散路線上的障礙，延長了安全疏散的距離和時間。
（3）若干潔凈室都通過風管彼此串通，當火災發生，特別是火勢初起未被發現而又繼續送風的情況下，風管成為煙、火迅速外竄，殃及其余房間的重要通道。
（4）潔凈廠房多屬于生產高科技產品的生產廠房，此類廠房內的生產過程具有連續性不間斷晝夜生產，且白動化程度較高，許多潔凈廠房內的工作人員較少。
（5）高科技產晶生產過程常常會使用一些高分子材料，潔凈室內裝修也會使用一些高分子合成材料，這些材料在燃燒時產生濃煙，散發毒氣。有的燃燒速度極快。
（6）某些產品生產過程使用易燃易爆物質，火災危險性高。例如：甲醇、甲苯、丙酮、丁酮、乙酸乙脂、乙醇、甲烷、二氯甲烷、硅烷、異丙醇、氫等，都是甲、乙類易燃易爆物質，對潔凈廠房構成潛在的火災威脅。此外，潔凈廠房內往往有不少極為精密、貴重的設備，建設投資十分昂貴，一旦失火，損失極大。
鑒于下以上幾方面的特點、為了保障生命、財產的安全，潔凈建筑設計應從防止起火與延燒，有利疏散與搶救方面采取相應技術措施，如建筑耐火等級不低于二級，較為嚴格的防火分隔，合理確定防火墻間占地面積與疏散路線。