1、普通潔凈室常用的滅菌方法
（1）紫外線照射 
紫外線照射屬于電磁輻射消毒法，其機理是使細菌吸收輻射吸熱而產生熱效能，破壞其蛋白質和核酸從而達到滅菌的目的。紫外線照射的殺菌效果明顯，廣泛應用于醫院需要消毒的場合，如室內空氣、物體表面、水及其他液體等。但是，紫外線殺菌也有相當的局限性。由于紫外線輻射能產生對人體有傷害的臭氧，所以紫外線殺菌只能在無人的狀態下進行消毒。紫外線只能對靜止的物體有滅菌作用，對流動的空氣毫無意義。在組合式空調機組停用時，紫外線照射也可作為機組消毒的一種手段。紫外線照射滅菌的效果與菌種、遮擋等都有關系，由于這些因素的影響，使用紫外線燈管照射時應當注意對需要消毒的暴露對象長時間照射，應盡量的近距離照射。
（2）臭氧
臭氧在常溫下是強氧化性氣體，也是一種廣譜殺菌劑。可用來殺滅細菌及其芽孢、病毒及真菌，也被廣泛用于醫院消毒。由于臭氧是極不穩定氣體，在常溫下會自行分解為氧氣，所以不能貯存，一般都是通過臭氧發生器現場制備并立即消毒滅菌。
由于臭氧為強氧化劑，對人體及室內物體有損害，所以高濃度臭氧只能在密閉房間無人狀態下使用，消毒后30min人員方可入內，這也說明了臭氧消毒的局限性。低濃度臭氧發生器可以使用在有人員活動的房間，其滅菌效率比高濃度略差，但也是有效的，當臭氧濃度為0.2mg/m³時，15min細菌殺滅率為98.05%～99.99%。
（3）化學消毒劑
利用噴霧機熏蒸化學消毒劑的方法殺滅空氣中的微生物也是生物潔凈室常用的消毒方法。常用的化學消毒劑有甲醛、過氧乙酸、過氧化氫、含氯消毒劑和季銨鹽類消毒劑等。使用化學消毒劑進行消毒，一般都須關閉門窗1～2h噴霧或熏蒸。還有一些化學消毒劑是可以用來浸泡或擦拭的。如二溴海因、過氧化復、過氧乙酸等。
無論是噴霧、熏蒸，還是擦拭，化學消毒劑對人體及物體都有不同程度的危害，在使用時應當經專業人員培訓，操作時應謹慎小心，以免造成人身傷害。每個潔凈室使用的化學消毒劑應當定期更換，防止室內的微生物產生抗藥性。
2、藥廠潔凈室的消毒
對于藥廠潔凈室，不僅需要對空氣進行過濾，還需要對室內器具、地面、壁板等表面進行消毒滅菌處理，嚴格控制室內空氣中的生物或非生物的微粒數量。
進入潔凈室的空氣是通過亞或空氣過濾器達到除菌目的的，可以視為無菌空氣，但是這個過程并無殺菌作用。只要室內有人員的活動，就有可能產塵或產菌；只要室內有微生物生存的營養源，就有可能使微生物生存及繁殖。因此，藥廠潔凈室應有完善的消毒制度。
無菌室、室內設備、器具和雜物、傳遞室或傳遞窗及更衣室的清洗盡量采用水洗。非無菌制劑潔凈室的清掃消毒，一般采用普通的清掃消毒方法。