潔凈室內的排風口，其作用為排熱、排濕、排污染物質。當室內設備產熱太大時，為了節能，可把設備產熱就地排走以減小空調冷負荷。這時的排風口位置應設在產熱設備的正上方；如果在潔凈室內，由于工藝要求，某些濕表面不能密閉時，為了減小室內的濕負荷，可在濕表面附近設置排風罩（可在正上方或側面設置）；在生產過程中，有可能散發有害氣體或顆粒，控制方法是在污染物散發源處及時排走污染物，可采用排風罩或密閉隔離罩等措施來排除污染。可見，排風口或排風罩的布置應根據行業規范或生產工藝的具體條件來確定。如潔凈手術室內的排風，在《醫院潔凈手術部建筑技術規范》（GB 50333-2002）中規定：潔凈手術室必須設上部排風口，其位置宜在病人頭側的頂部。排風口進風速度應不大于2m/s。這一規定，是為了排除一部分較輕的麻醉氣體和室內污濁空氣。所以排風口應設在上部并靠近發生源處。
對于潔凈生產車間，應根據生產工藝及設備特征靈活設置，如果工藝條件允許，設排氣罩要比設頂部排風口排除污染的效果好，設密閉排氣罩排污效果更好。所以，在布置排風口時，應綜合考慮各種規定及生產工藝情況，確定有效的排風方式及排風口位置。
排風口位置及排風方式確定后，就應設計排風管系統。在各潔凈室單獨設置排風系統還是多間潔凈室并聯設置排風系統，除應嚴格執行相關規范的規定外，還應通過分析污染的性質來決定系統形式。如醫院潔凈手術室的排風系統應和輔助用房的排風系統分開設置。生產車間中如所排出的污染物屬于同一性質，不會造成交叉污染，在混合后也不會產生各種危險，就可以多間潔凈室共用一個排風系統。每一個排風系統的排風出口都應直接通向室外，不應排入吊頂夾層中。排風系統中，暴露于潔凈室的管道及排風罩宜采用不銹鋼板制作，在夾層或夾道內的隱蔽管道，可采用鍍鋅鋼板或滿足排風要求的其它板材制作。當排風氣流中含有腐蝕性物質時，應采用耐腐材料制作排風管。
潔凈室的排風系統應防止室外氣流倒灌而污染潔凈室。工程中常采取的防倒灌措施有：采用中效（或高中效）過濾器，效果較好。因為不僅有過濾功能，更主要的是風壓或熱壓不太可能客服過濾器的阻力。因此，倒灌氣流就不太可能形成。不過采用這種措施時，需定期清洗、更換過濾器。否則，會影響排風量。還可以采用止回閥防止倒灌，使用方便，無需經常維修管理，但效果很差。因為止回閥的密封性很差，在熱壓或風壓的作用下，室外氣流很容易滲入室內污染潔凈室。還可采取裝設電動密閉閥的措施來防止倒灌，只要密閉閥質量好，其防止室外污染的可靠性就高。
當排風中含有易燃易爆的氣體時，應采取防爆排風機（潔凈室內的凈化燈及開關等均需采用防爆型的產品，墻面應采取防靜電的措施）。
當排風氣流中含有致敏性物質，或有害物質濃度及排風量超過國家或地區有害物排放濃度及排放量規定時，應進行無害化處理。無害化處理的具體措施應根據有害物質的性質來確定。如青霉素分裝車間的排風中，主要含有致敏性的有害物，可在排風系統的入口處裝設高效過濾器來防止對環境的污染。如實驗動物房，排風中的有害物質主要是氨等臭氣，可采用在排風系統中裝設活性炭過濾器（或分子篩過濾器）的措施來防止臭氣的污染。
當排風氣流中含有水蒸氣和凝結性物質時，應在排風系統中設坡度及排放口。
在布置排風管道時，應遵循短、直、順的原則，盡量減少管件，降低管道系統阻力。在排風系統出口應裝設防雨百葉或防雨帽。