在凈化車間中，高效及亞高效末端過濾器的積塵程度并不均衡，因此，各末端過濾器阻力差異隨著時間的推移而增大。對于未裝自控設施的系統，需要定期進行運行調試，以使各潔凈室的送風量滿足要求，保證其潔凈度滿足要求。
凈化空調系統的調試主要是指風量的測定與調整、測控儀表的校對調整、室內潔凈度的測定及壓差調整等。風量太大，會增加能量消耗；風量太小，達不到潔凈度要求。儀表控制及測量不準確，就不能保證潔凈度要求的參數。調試工作宜按下述步驟進行：
1、若出現高效或亞高效末端過濾器集塵不均衡時，應先調整送風量，調整時由技術總負責通過對講機統一指揮。調試前由總負責人寫出書面計劃，對整個調試工作做出總體安排并提出具體要求。調試計劃的內容包括調試目的、調試項目、調試順序、調試方法、所需人員、具體要求及注意事項等。
2、查取運行驗證資料，確定調試風口。安排一個小組進入技術夾層調節閥門，另一小組在潔凈室測定風速及風量，通過對講機進行溝通。根據調試風口的需求風量，預先計算出風量測試罩罩口的風速，由此風速來調整閥門的開度。
3、測定時須認真細致，嚴格按儀表使用說明書的要求使用儀表。一般2個人使用一臺儀器，一人看表讀數，另外一人記錄。儀表應固定在三腳架上，不宜手持，以保證測量準確。報數要清楚準確，記錄數據不能涂改。按此方法逐一進行風量調節，后把所測數據匯總造表并存檔。
4、測定中要注意人身和儀器安全。儀器、儀表都應輕拿輕放，當在高處管道測孔處進行測量時，應采取必要的安全保護措施。
5、各風口流量調整完畢，由技術負責人主持，進行匯總分析，對個別風口再進行微調，認為各方面都達到要求后，再進行一次風量測定，以此作為運行狀態參數。全部測定調整工作完成后，各小組寫出調試報告，對測定數據進行分析，并寫明調整方法、經過、調整結果及存在的問題等。
6、在各小組調試報告的基礎上，由調試總負責人編寫總調試報告。內容包括調試項目、調試目的、調試時間、調試前狀態和調試后主要數據、調試效果和存在問題等。連同各小姐調試報告一并裝訂成冊，存檔保存。