醫藥工業根據生產工藝的特殊用途，對生產環境提出了一定的要求，如室內的溫度、相對濕度、空氣的氣流速度及潔凈度，空氣凈化系統就是將空氣處理成要求的狀態后送入房間內，以滿足上述要求。所以空氣凈化系統是由空氣處理裝置（包括熱源）、空氣輸送和分配設備等組成的一個完整的系統，該系統能夠對空氣進行冷卻、加熱、加濕、干燥和凈化處理，還能對空氣進行消毒處理，能消除傳入房間的噪聲；空氣凈化系統的運行應能進行自動控制和檢測。對100000級以上潔凈度的房間，均需在風管末端安裝高效過濾器或亞高效過濾器。
有些藥品需要有較低的相對濕度，而傳統的冷凍去濕法只能使相對濕度達到50%左右，要想獲得更低的相對濕度必須采用化學處理的方法，常用的就是采用氯化鋰轉輪除濕機。注意不能把各種類型的除濕機直接放在潔凈室內。下圖所示的是帶除濕機的空氣凈化系統：

潔凈室竣工和投產以后都需要進行性能測定及驗收，在系統大修或更新時也需進行測定。在測定之前對潔凈室的概況必須全面了解，主要內容包括：凈化空調系統和工藝布置的平面圖、剖面圖及系統圖；對空氣環境條件的要求；空氣處理方案；送回風、排風量及氣流組織；人、物凈化方案；潔凈室的使用情況；廠區及其周圍污染情況等，以及測定后分析影響環境條件的因素。
凡測定中所用的一切儀器設備必須按規定進行檢定、校準或標定。測定之前必須對系統、潔凈室、機房等處進行全面清掃，在清掃和系統初步調整后連續運行一段時間，然后進行檢漏等項目測定。
空氣凈化系統施工驗收與驗證有許多共同之處，有聯系也有區別。施工驗收主要是項目竣工后對設計及施工質量的評價，其測定的項目較多；而驗證是證明該空氣凈化系統是否能達到GMP及生產的要求。驗證在工程竣工、驗收后進行，有些測定項目兩者可以共用，但驗證在運行后還要定期做；另外從文件上看，驗證的測定項目不必像工程竣工驗收這么多，但必須包括安裝及運行兩方面的數據。