一、合理確定整治目標。《方案》總的要求是經過三年努力，實現農村人居環境明顯改善，村莊環境基本干凈整潔有序。同時，根據不同地區的基礎和條件，提出了分層次的行動目標。其中，東部地區、中西部城市近郊區等有基礎、有條件的地區，人居環境質量全面提升，基本實現農村生活垃圾處置體系全覆蓋，基本完成農村戶用廁所無害化改造，廁所糞污基本得到處理或資源化利用，農村生活污水治理率明顯提高，村容村貌顯著提升，管護長效機制初步建立。中西部有較好基礎、基本具備條件的地區，人居環境質量較大提升，力爭實現90%左右的村莊生活垃圾得到治理，衛生廁所普及率達到85%左右，生活污水亂排亂放得到管控，村內道路通行條件明顯改善。地處偏遠、經濟欠發達等地區，在優先保障農民基本生活條件基礎上，實現人居環境干凈整潔的基本要求。各地要結合實際，合理確定本地區整治目標，集中力量解決急需的問題，做到既盡力而為，又量力而行。有條件的地方，可進一步提高建設標準，全面提升人居環境質量。條件不具備的地區也要結合實施鄉村振興戰略持續推進農村人居環境整治，不搞一刀切。
二、明確整治主攻方向。《方案》要求，以建設美麗宜居村莊為導向，以農村垃圾、污水治理和村容村貌提升為主攻方向，動員各方力量，整合各種資源，強化各項舉措，加快補齊農村人居環境突出短板。各地要圍繞《方案》明確的方向，充分尊重農民意愿，科學確定本地區整治重點及建設優先序，嚴禁脫離農村實際建大公園、大廣場、坊以及無實際內容的村史館等形象工程。其中，垃圾治理的主要任務是建立健全符合農村實際、方式多樣的生活垃圾收運處置體系，推進垃圾就地分類和資源化利用，著力解決農村垃圾亂扔亂放的問題;污水治理的主要任務是推進廁所革命，開展廁所糞污治理，普及不同水平的衛生廁所，因地制宜梯次推進農村生活污水治理，著力解決農村污水橫流、水體黑臭等問題;村容村貌提升則以通村組道路、入戶道路為重點，基本解決農村通行不便、道路泥濘的問題，同時推進公共空間和庭院環境整治，加強傳統村落民居和歷史文化名村名鎮保護。
三、扎實有序實施整治行動。《方案》強調，學習借鑒浙江等先行地區經驗，堅持先易后難、先點后面，通過典型示范不斷探索、不斷積累經驗;加強規劃引導，合理安排整治任務和建設時序，采用適合本地實際的工作路徑和技術模式，防止一哄而上和生搬硬套。各地要按照《方案》部署，進一步明確整治實施步驟，確保整治工作科學有序推進。一是編制實施方案。抓緊編制或修訂省級農村人居環境整治實施方案，以縣(市、區、旗)為單位，對具體目標和重點任務作出規劃，明確年度建設任務。原則上各地要在3月底前完成省級實施方案編制，并報住房城鄉建設部、環境保護部、國家發展改革委備核。二是開展典型示范。2018年，要著力推進典型示范，總結并提煉出一系列符合當地實際的環境整治技術方法，以及能復制、易推廣的建設和運行管護機制。三是穩步推進整治任務。在總結示范經驗基礎上，2019–2020年在面上集中推廣成熟做法、技術路線和建管模式，到2020年基本完成整治任務。有條件的地區可根據財力和工作實際加快整治工作進度。
四、健全工作推進機制。《方案》提出，完善中央部署、省負總責、縣抓落實的工作推進機制。其中，省級黨委和*對本地區農村人居環境整治工作負總責，明確整治工作牽頭責任部門和實施主體，提供組織和政策保障，做好監督考核;縣級黨委和*承擔主體責任，對實施效果負責;地市級黨委和*做好上下銜接、域內協調和督促檢查等工作。各級發展改革部門要按照本級黨委和*部署，根據部門職責分工，積極做好《方案》的貫徹落實。在推進易地扶貧搬遷、農村危房改造等相關項目時，將農村人居環境整治統籌考慮、同步推進。
五、切實加大投入力度。《方案》要求，建立地方為主、中央補助的*投入體系;地方各級*要統籌整合相關渠道資金，合理保障農村人居環境基礎設施建設和運行資金。各地要在切實加大*投入力度的同時，積極推進投融資體制機制創新。鼓勵以《方案》實施為平臺，統籌整合使用相關渠道資金，調動社會力量積極參與農村人居環境整治。協調落實城鄉建設用地增減掛鉤所獲土地增值收益，村莊整治增加耕地獲得的占補平衡指標收益等資金，支持當地農村人居環境整治。引導有條件的地區將農村環境基礎設施與特色產業、休閑農業、鄉村旅游等有機結合，實現農村產業融合發展與人居環境改善互促互進。與此同時，始終把握盡力而為、量力而行的原則，切實防范化解地方債務風險。
六、完善建管長效機制。《方案》強調，堅持先建機制、后建工程，探索規模化、專業化、社會化運營機制，確保各類設施建成并長期穩定運行;堅持村民主體，保障村民決策權、參與權、監督權。各地要立足當前、著眼長遠，在解決現階段突出問題的同時，著力健全村莊人居環境管護長效機制，激發農民建設美麗家園的自覺性、主動性，確保建成設施長期穩定運行。在有條件的地區推行城鄉垃圾污水處理統一規劃、統一建設、統一運行和統一管理，探索建立垃圾污水處理農戶付費制度。充分運用“一事一議”等民主決策機制，通過村民自建等方式組織實施農村人居環境整治項目，引導農民和村集體經濟組織全程參與規劃、建設、運營和管理。簡化農村人居環境整治建設項目審批和招投標程序，降低建設成本，確保工程質量。
七、強化監督考核激勵。《方案》要求，各省區要制定農村人居環境整治考核驗收標準和辦法;住房城鄉建設部會同有關部門，根據省級實施方案及其明確的目標任務，定期組織督導評估。各地要結合省級實施方案的編制，明確可量化、可監測、可考核的具體指標，制定本省區考核驗收辦法，以縣為單位進行檢查驗收，確保把各項整治任務落到實處。國家發展改革委將會同相關部門研究制定評估辦法，配合做好《方案》實施督導評估工作，并將地方任務完成情況的評估結果與中央相關支持政策掛鉤。
八、加強經驗交流推廣。《方案》要求，堅持示范先行，結合本地實際深入開展典型示范;加強經驗總結交流，帶動農村人居環境整體提升。各地要強化調查研究和經驗總結，積極宣傳和推廣符合農村實際的好典型、好經驗和好做法。健全上下聯動工作機制，加強溝通和情況通報。省級發展改革委要密切跟蹤本地區農村人居環境整治工作進展，了解項目建設和運營情況，及時反映存在的突出問題，提出相關意見建議。