近年來，隨著社會發展和環境保護意識的增強，我國水環境保護在末端治理上下的功夫比較大，采取了一系列有效措施并取得了明顯成效。但無論是提高排放標準還是保障污水處理廠的正常運營，末端治理的方法并不能全面扭轉我國當前水環境形勢。在源頭減排和全過程的阻斷污染源入河方面，還有很多工作要做。特別是源頭減排，要實現經濟結構轉型，zui大化減少城市群對流域水循環的干擾和沖擊，的辦法是在源頭減排上下更大的力度。
我國污染源排放標準有《污水綜合排放標準》（1996）和《城市污水處理廠排放標準》（2002），實行分級分類管理。但是排放標準與《地表水環境質量標準》（2002）并未實現對接。特別是對于氣候變化與強人類活動影響下的缺水地區，水環境容量十分有限，導致即使所有污染源都實現達標排放，依然不能滿足水域環境質量的要求。隨著時間的推移、科技的進步以及公眾對環境質量要求的提高，這一標準已不適應當前水環境管理的需要。另一方面，不達標排放即違法超標排放，成本也很低，而且缺乏激勵機制。現行排污收費標準僅為實際污染治理費用的50%左右，這就造成了企業違法成本低，守法成本高。
我們要適時修訂國家標準，完善獎懲機制，讓守法企業獲得更多實惠，讓違法企業付出相應的代價，是改善目前企業違法排污屢見不鮮現狀的一個手段。可以采用清潔生產的技術和工藝，調整產業結構，減少污染物的產生等。
截至今年3月底，全國設市城市及縣累計建成城鎮污水處理廠3451座，污水處理能力約1.45億立方米/日。根據《“十二五”全國城鎮污水處理及再生利用設施建設規劃》，到2015年，我國污水處理率將進一步提高，城市污水處理率達到85%，縣城污水處理率平均達到70%，建制鎮污水處理率平均達到30%。隨著政策利好的不斷釋放，污水處理行業正面臨“挖潛增效”的重要機遇。但是，這些數字并不能掩蓋污水處理廠在建設和運營方面的問題。處理能力和實際處理量是兩個*不同的概念，所以在建設污水處理廠配套方案時，管網的建設一定要先行，而在指標考核方面，污水的收集率則一定要列入考核范圍。
除收集管網建設滯后，污水處理廠建成以后不能正常運行也是目前的問題之一。據介紹，目前我國污水處理廠正常運行率只有50%。很多污水處理廠把二級深化處理工藝變為一級，降低了處理成本。此外，污水處理廠還不能滿負荷運行，污水處理廠的污泥沒有zui終處置途徑等都是目前污水處理廠所面臨的問題。