動物的排泄、水中的殘餌以及生物過濾中滋養的一部分細菌在整個展池中可能影響到生物的生命安全，因此必須有一套殺菌系統。有些地方還在采用氯消毒這種zui落后，對生物生命存在威脅的殺菌方式，造成海洋生物的死亡，帶來了巨大的經濟損失。現在的海洋館殺菌養殖用水殺菌方式，臭氧代替氯劑殺菌已經在各大海洋館運行并取得了良好的效果。
臭氧替代氯劑消毒的好處：
1、臭氧具有*的殺菌性及滅活病毒的作用，可有效防止傳染性疾病的蔓延，實驗證明，同樣濃度的臭氧殺滅細菌和病毒的效果是氯的600-3000倍。
2、臭氧是*的環保型綠色殺菌劑，不會對環境造成任何二次污染。而氯制劑會與水中的有機物反應生成多種氯化有機化合物，如三氯甲烷、氯仿等，這些物質均為*的致癌突變物。
3、從水中蒸發出來的氯代化合物及氯氣等有毒氣體，聚集在水池上方不易散去，損害人的呼吸器官，嚴重影響人們的身體健康，而使用臭氧則不會產生此問題。
4、臭氧是強氧化劑，可有效分解水中的腐殖質，氧化水中的鐵、錳離子，分解水中散射光線的微小有機體，從而大大提高水的清澈度，使水呈現出美麗的藍色，而氯制劑則無此效果。
5、使用臭氧發生器，可大大降低水處理工藝的管理及操作難度，同時臭氧發生器具有很高的安全性，而氯制劑在運輸、儲藏、使用時具有一定的危險性。
6、臭氧可分解水中的有機物且具有微絮凝作用。臭氧可協助砂濾去除金屬鹽類及有機物，這是由于有機物在氧化過程中極易成為多極化合物，并能與多價金屬陽離子，如鈣、鎂、鐵、鋁等，結合成絡合物，并成為微絮凝態而被砂濾去除。臭氧能使綠色水變成閃爍、清澈的藍色。