近年來，隨著外界對于環境污染問題的日益重視，生態修復也隨之成為學術界的熱點。太湖、青島等地用生態修復的辦法應對藍藻暴發也取得一定成效。但中科院南京地理與湖泊所研究員胡維平表示，水污染治理，人們不能*寄希望于生態修復。專家表示，建設一個與湖泊水環境保護目標相匹配，社會、經濟、環境和諧發展的綠色流域，是湖泊環境保護與水污染防治的關鍵之所在。
在進行污染湖泊的修復工作時，可以利用一些沉水植物從湖泊水體及沉積物中吸收富含的營養物或化學物質，再利用沉水植物作為魚類的食物、為其他生物提供棲息的場所的功能，對湖泊生物鏈網進行優化改造，zui終達到改善環境和水質的目標。但問題是，一些江河湖泊為防洪防侵蝕，建立了大量的硬質堤壩，切斷了陸域生態系統到水域生態系統的連續性，江河湖生態環境緩沖帶消失，加重了藍藻水華、供水危機、生產安全等環境問題。
湖泊（水庫）生態系統的封閉性大，自我恢復的能力弱。目前對受損湖泊（水庫）生態系統修復的方法和技術主要有以下五點：一是嚴禁圍湖造田，科學劃定水源保護區范圍。二是營造林地，加大湖泊（水庫）區周邊退耕還林力度，提高湖泊周圍整個流域的植被覆蓋率，減少面源污染的危害，增強涵養水分的能力；鞏固退耕還林成果，解決退耕農戶長遠生計問題。三是加大人為調控湖泊水位的力度，盡量防止水位頻繁的劇烈變化，確保湖泊（水庫）的水量。四是對入湖泊（水庫）的河道逐條進行治理，減少污水排入湖（庫）。五是強化湖泊（水庫）的流域管理，依法治理，協調社會、經濟、環境效益。
由此可見，建設一個與湖泊水環境保護目標相匹配，社會、經濟、環境和諧發展的綠色流域，是湖泊環境保護與水污染防治的關鍵之所在。要堅持“讓湖泊休養生息”為指導思想，以“建設綠色流域”為基礎和核心，采取“污染源系統控制、清水產流機制修復、湖泊水體生境改善、系統管理與生態文明建設”的治湖新思路，構建流域管理與生態文明構建體系等六大體系。