1、無菌制劑室
在使用無菌制劑室時，應大限度的減少帶入無菌室中的塵埃和細菌數量，應將無菌室內的操作人員數量控制到低限度，應嚴格限制操作人員以外的其他人員進入。進入無菌室的人員應穿無菌室工作服，手應消毒。從更衣室進入無菌室之前，宜經過空氣吹淋。進入無菌室的物品應經過通道或設施處理后方可進入。傳遞窗的兩門應連鎖，根據實際需要可設置潔凈傳遞窗或滅菌傳遞窗。
無菌制劑室的污染控制，是由高效過濾器過濾的潔凈空氣稀釋（或平推）室內空氣，使其保持所要求的潔凈度。通過調節送風量、回風量及排風量，使潔凈室內保持正壓，防止污染物從外部流入。無菌室盡量設置值班風機（或變頻風機），在非工作時間起動值班運行程序。為了節約運轉費用，在非工作時間可停止溫濕度空調，只靠換氣方式保證潔凈度和正壓。到第二天上班時，須提前開啟凈化空調系統。此外，無菌室內還可采用紫外線殺菌燈或臭氧輔助性滅菌措施進行其壁面及系統的滅菌。實踐證明，臭氧對某些儀器的電路板有損害作用，滅菌時應注意保護。
無菌室的定期檢查：在無菌產品生產期間，應每天測定懸浮粒子數、浮游菌或沉降菌；應每天進行表面污染及人體細菌測試；無菌產品停止生產時間較長時，凈化空調系統可關閉。若要恢復生產，按按驗證要求進行塵埃粒子數、浮游菌或沉降菌的測試。
2、非無菌制劑室
醫院的固體制劑室及制藥企業的固體制劑車間，均屬于非無菌生物潔凈室。在使用管理方面，要比無菌室要求低。原、輔料進入潔凈室之前，需要在準備室清潔外部包裝，并脫去外部包裝，送入傳遞室或傳遞窗內，由此進入潔凈區的原輔料準備室。工作人員換鞋后，在一更間脫外衣，在二更間洗手后穿潔凈工作服，再次洗手，由緩沖間進入工作區。潔凈室可采用紫外線殺菌燈或臭氧進行消毒滅菌，應定期用酒精溶液擦洗壁板及設備表面。使用該類潔凈室時，應重視每天的清場工作，特別是換品種生產前的清場，應從潔凈室的壁面、地面及設備內外進行*的清洗清潔，防止交叉污染。對塵埃粒子數、浮游菌或沉降菌的監測，應根據GMP的要求定期進行。
3、潔凈手術室的使用
潔凈手術室在使用過程中，應保持一個封閉環境，其門、傳遞窗等均應關閉。現在有些潔凈手術室在使用時開著門，顯然是不允許的。究其原因是因為新風量不足，醫護人員感到氣悶。對此情況，應當從系統上查找原因，通過運行調節改善新風供應。
在潔凈室手術室工作的人員，其活動不要過于激烈，防止衣著鞋帽等纖維質材料過多的脫落，造成室內潔凈度的超標。一般來說無論是醫生還是護士都應當有較為固定的活動范圍及活動路線。做清潔的操作可在送風側進行；做不清潔的、有污染的操作，可在回風口附近進行。
所以進入潔凈手術室的物品均需清潔、消毒，個人物品及未按規定清潔、消毒的物品不準帶入潔凈手術室內。潔凈室使用器具的選用及擺放位置也應當考慮潔凈因素，所有器具的擺放都不應將回風口擋住。手術用的器具、敷料等應預先消毒，進入潔凈手術室后放入器械柜內，手術前才能打開，盡量減少與空氣接觸。
人流通道與物流通道應各盡其用，應利用傳遞窗進行物品的傳遞。特別是污物，要通過污物傳遞窗直接進入污物走廊，以免污染潔凈區。
應組建醫院感染控制小組，由手術部主任、麻醉醫師、護士長和護士等相關人員組成，全面負責手術室感染監控工作。應安排一名潔凈手術部專職管理護士，對進入潔凈手術部的人員進行經常性監督，檢查手術室消毒隔離措施及手術人員的無菌技術操作，對違反操作規程或可疑污染環節應及時糾正，并采取有效的防范措施。
潔凈手術室凈化空調系統的運行程序：通常是術前0.5～1h開啟凈化空調系統，并開至低速運行狀態，術前15～30min將系統調至正常運行狀態，術畢再調回低速運行狀態，進行室內衛生清潔工作。若凈化空調系統支持，在進行室內衛生清潔工作時，應直流通風換氣，以便迅速排除室內污染。若潔凈手術室長時間未使用，在使用前除做好風口、壁板、地面等處的清潔、消毒工作外，還應適當提前開啟凈化空調系統。應急潔凈手術室及其輔助設施，凈化空調系統應24h連續低速運行，以滿足急診手術的使用和空氣潔凈度的要求。若采用臭氧對潔凈手術室及凈化空調系統進行消毒，應關閉新風閥及排風閥，以保證消毒效果。臭氧消毒過程中，潔凈手術室內不得有人員停留，以防損害人的呼吸系統。同時，應做好有關精密儀器、儀表的保護工作，以防臭氧對其電路板產生腐蝕。
4、醫院潔凈室的定期驗證
醫院潔凈室包括潔凈手術部、潔凈病房、無菌實驗室、制劑室及無菌配送中心等。每種潔凈室應按各自歸口行業規范及標準定期驗證。應定期驗證醫院的潔凈手術室及潔凈病房，檢查室內壁面、頂棚、送風天花和回風口的清潔度，應定期檢測潔凈室的塵埃粒子數、菌落數、浮游菌數、送風量、室內正壓（或負壓）等。應按照醫院潔凈手術部建筑技術規范的要求并參照相關的衛生標準，對各潔凈室的既有驗證資料進行分析，制訂出行之有效的檢查周期。對于日常監護的項目必須建立相應的記錄，在編制運行管理制度時均應建立記錄制度并有專門的表格及保存方式。